Program badawczy Instytutu realizowany jest w 10 zakładach naukowych, prowadzących badania naukowe, prace badawczo-rozwojowe, wdrożeniowe, upowszechnieniowe i szkolenia
- Zakład Hodowli Bydła
- Zakład Hodowli Trzody Chlewnej
- Zakład Hodowli Drobiu
- Zakład Hodowli Drobnego Inwentarza
- Zakład Hodowli Koni
- Zakład Hodowli Owiec i Kóz
- Zakład Żywienia Zwierząt i Paszoznawstwa
- Zakład Biologii Molekularnej Zwierząt
- Zakład Biotechnologii Rozrodu i Kriokonserwacji
- Zakład Systemów i Środowiska Produkcji